Desa Molobog pada mulanya adalah perkebunan yang asal-usul penduduknya berasal dari Kelurahan Kobo Besar yang datang untuk memasak garam dan mencari ikan. Desa Molobog berasal dari kata “Nolobog” yang artinya kabur. Konon pada tahun 1925 kompeni (Belanda) membuka pertambangan emas di Goropai yang limbah tambang dari pengolahan biji emas mengalir langsung ke sungai Bobuntaian yang melintasi perkampungan penduduk sehingga air sungai tersebut kabur/ keruh dan tidak pernah jernih sampai sekarang karena daerah hulu sungai masih terjadi pengolahan tambang emas. suatu saat dibuatlah pedukuan dan diberi nama pedukuan Molobog. Atas dasar itulah sehingga desa ini kemudian diberi nama Desa Molobog (Bahasa Mongondow Molobog artinya kabur).

Seiring berjalannya waktu pada Tahun 1994 Desa Molobog dimekarkan menjadi dua desa yaitu Desa Molobog dan Desa Jiko, kemudian pada tahun 2012 kembali Desa Molobog dimekarkan menjadi Desa Molobog dan Desa Molobog Barat dan pada tahun 2020 dimekarkan kembali dari Desa Molobog menjadi Desa Molobog dan Desa Molobog Timur

Adapun nama-nama pejabat sangadi (Kepala) Desa Molobog adalah sebagai berikut :

 

No	Nama	Masa Jabatan	Keterangan
1.	Ganggai Mamonto	1901 – 1916
2.	Doyudu Mamonto	1916 – 1921
3.	Daeng Djarangkala	1921 – 1925
4.	Borahima Mamonto	1925 – 1930
5.	Tompikat Manoppo	1930 – 1933
6.	Undenge Tomituo	1933 – 1935
7.	Mores Manoppo	1935 – 1937
8.	Musa Ganda	1937 – 1952
9.	Koneng Mamonto	1952 – 1955
10.	Abdul Hamid Mokoginta	1955 – 1957
11.	Manseg Langke	1957 – 1959
12.	Latief Mamonto	1959 – 1974
13.	Abdul Latief Lapadjawa	1974 – 1979
14.	Hamza Damopolii	1979 – 1986
15.	Latif Mamonto	1986 – 1988
16.	Bidol Daeng Solong	1988 – 1996
17.	Mohamad K. Mamonto	1996 – 1999
18.	Hadar Paputungan	1999 – 1999
19.	Mohammad K. Mamonto	1999 – 2001
20.	Ibrahim Mamonto	2001 – 2005
21.	Mohammad K. Mamonto	2005 – 2007
22.	Hadar Paputungan	2007 – 2013
23.	Hasanudin Kunrade	2013 – 2016	Pjs
24.	Sahad Batandigo	2016 – 2022
25.	Yesi Pandoi, A.Ma.Pd	2022 – sekarang	Pjs